Pela quinta vez esta temporada, Iván Ortolá irá arrancar da pole position no Moto3. O piloto foi o mais veloz da qualificação do GP do Japão, estabelecendo uma nova volta recorde em Motegi no 1m54,761s.
Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP) foi o primeiro líder da Q1, perseguido por David Alonso (CFMOTO Gaviota Aspar) que foi 0,304s mais lento nas primeiras voltas lançadas. Joel Kelso (BOE Motorsports/KTM) estava em terceiro.
Ortolá (MT Helmets-MSi/KTM) foi o piloto que se seguiu no topo da tabela, relegando Veijer a segundo por 0,387s, ao passo que Alonso passou a ser terceiro, e Ángel Piqueras (Leopard Racing/Honda) quarto.
Dentro dos últimos cinco minutos, Ryusei Yamanaka (MT Helmets-MSi/KTM) chegou à terceira posição e, depois, esteve por momentos em segundo antes de Veijer recuperar o lugar. E o holandês acabou mesmo por chegar à liderança no último minuto.
No entanto, Ortolá fez ainda melhor ao ser o único a rodar em 1m54s (1m54,761s) para garantir a pole position, batendo Veijer por claros 0,356s. Alonso assegurou a terceira posição a 0,409s, e o seu principal perseguidor no campeonato, Daniel Holgado (Red Bull GasGas Tech3) ficou relegado a nono.